Associé (e) de recherche Niveau 4 (Dr. Jacquemont)

Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine est à un stade de maturité, qui lui a permis, grâce à la recherche d’excellence qui s’y réalise à travers la programmation scientifique de haut niveau dans ses créneaux mère-enfant, de recevoir au cours de la dernière année, des dons majeurs qui seront transformationnels et ouvriront d’innombrables perspectives pour la recherche en santé des enfants. Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine réunit une équipe de plus de 1200 personnes, soit plus de 295 chercheuses et chercheurs, dont plus de 160 en recherche clinique et plus de 580 étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs et stagiaires de recherche postdoctorale œuvrant dans des domaines d’expertise multiples. Travaillant étroitement avec les équipes de soins du CHU Sainte-Justine, cette communauté se dévoue à la recherche fondamentale, clinique et translationnelle au sein de six axes de recherche.

Projet

Laboratoire de recherche du Dr Sébastien Jacquemont.

Description Du Poste

Sous la responsabilité du directeur S. Jacquemont, l’associé (e) de recherche devra utiliser des outils computationnels pour analyser et modéliser le lien entre données génétiques et d'imagerie cérébrale à travers plusieurs cohortes. Le projet général explore l’impact de variations génétiques sur la physiologie du cerveau et la cognition, notamment dans les troubles neurodéveloppementaux. Actuellement, la plupart des études sont menées dans les silos suivants : 1) Type de variante : variantes courantes ou rares ; 2) phénotypes versus endophénotypes : soit des troubles psychiatriques, soit des mesures de neuroimagerie ; ce projet vise à évaluer comment la combinaison de variantes rares et courantes peut améliorer le diagnostic et la prédiction des résultats. Le candidat sera responsable de :

• Déploiement d'algorithme de prétraitement d'imagerie cérébrale.
• Analyse de variants génomiques structurels. Les data à analyser comprennent des données de génotypage sur 800000 individus et des données de séquençage (exome et génome complet) sur environ 500 000 individus;
• Gestion et coordination des données du projet entre les laboratoires.
• Organisation et hiérarchisation des données sur les serveurs.
• Développement et rédaction des procédures de traitement neurogénétique.
• Gestion des calculs sur grappe de calcul haute performance (Alliance de recherche numérique du Canada).
• Documentation et communication sur le processus d’analyse, résultats, outils et techniques utilisés.
• Supervision d’étudiants travaillant sur les données générées
• Interaction avec les membres du laboratoire afin d’élaborer des stratégies d’analyses
  
  

Exigences et aptitudes

• Niveau d’études : PhD en informatique ou bioinformatique ou équivalent avec de solides connaissances en génétique;
• Expérience en code sur un des langages suivants : Bash, Python, Matlab, R, Database query (MySQL, ElasticSearch), etc.
• Connaissance des méthodes statistiques de base et du langage R;
• Expérience du traitement et de la gestion des données à l'échelle de la biobanque, y compris des outils de neuroimagerie comme FreeSurfer et des pipelines basés sur le cloud computing
• Expérience avec les données multi-omiques, notamment snRNA-seq, ATAC-seq et la transcriptomique spatiale, ainsi que des outils tels que Seurat, Signac et Scanpy.
• Capacité de travailler en groupe sur plusieurs projets;
• Expérience de travail sur les clusters de calculs.
• Bonne compétence en « Data management ».
• Le candidat idéal possède également une solide formation en apprentissage automatique et en science des données, et a des compétences en programmation d'algorithmes d'apprentissage profond (PyTorch).
  
  

Conditions d’emploi

• Syndicat des employés du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine (SECR)
• Échelle salariale: Niveau 4 - entre 32.11 $ et 47.70 $ /heure (selon l’expérience de travail)
• Chercheur responsable: Dr Sébastien Jacquemont
• Poste : Régulier à temps complet (35 heures par semaine)
• Date prévue d’entrée en fonction : Immédiate
• Autre : Le candidat sera également appelé à se déplacer, en fonction des besoins au Mila - Quebec AI Institute et dans d'autres instituts collaborateurs.
  
  

Nous tenons à préciser que les candidats étrangers devront avoir un permis de travail valide pour le CHU Sainte-Justine. Tout permis de travail ayant la condition suivante ne sera pas éligible : « Pas autorisé à exercer un emploi relié aux soins des enfants, à l'enseignement au primaire ou au secondaire, au domaine de la santé ».

Fin de l'affichage : 5 décembre 2024

Autres avantages 3. Des établissements facilement accessibles4. Des services sur place pour vous simplifier la vie:Remarques

• Une conciliation travail et vie personnelle :
• Plan de vacances avantageux
• 20 jours de vacances par année, 25 jours de vacances dès la fin de la période de probation
• 13 jours fériés
• 9,6 jours de maladie par année
• Congé de maternité, de paternité et d’adoption
• Des avantages collectifs concurrentiels :
• Régime de retraite à prestations déterminées (RREGOP)
• Assurances collectives pour vous et votre famille
• Programme d’aide aux employés et à leur famille
• Station de métro Université-de-Montréal, lignes d’autobus et grands axes routiers à proximité
• Abri à vélos sécurisé et stations BIXI à proximité
• Située dans le quartier Côte-des-Neiges
• Centre de la petite enfance Sainte-Justine
• Nettoyeur et service de couture
• Activités sportives
• Service alimentaire qui encourage l’agriculture biologique et locale
• Livraison de paniers de légumes biologiques
  
  

Le genre masculin est utilisé sans discrimination et dans le seul but d’alléger le texte. Le CHU Sainte-Justine souscrit au principe d'accès à l'égalité en emploi et invite les femmes, les membres des minorités visibles et des minorités ethniques, les personnes handicapées et les Autochtones à poser leur candidature. Nous vous serions gré de nous faire part de tout handicap qui nécessiterait un aménagement technique et physique adapté à votre situation lors du processus de sélection. Soyez assuré que nous traiterons cette information avec confidentialité.