Bioinformaticien (ne) de recherche Niveau 4 / Data Manager

Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine est à un stade de maturité, qui lui a permis, grâce à la recherche d’excellence qui s’y réalise à travers la programmation scientifique de haut niveau dans ses créneaux mère-enfant, de recevoir au cours de la dernière année, des dons majeurs qui seront transformationnels et ouvriront d’innombrables perspectives pour la recherche en santé des enfants. Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine réunit une équipe de plus de 1200 personnes, soit plus de 295 chercheuses et chercheurs, dont plus de 160 en recherche clinique et plus de 580 étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs et stagiaires de recherche postdoctorale œuvrant dans des domaines d’expertise multiples. Travaillant étroitement avec les équipes de soins du CHU Sainte-Justine, cette communauté se dévoue à la recherche fondamentale, clinique et translationnelle au sein de six axes de recherche.

Projet

Laboratoire de recherche du Dr Sébastien Jacquemont.

Description Du Poste

Sous la responsabilité du directeur du Dr S. Jacquemont, le bioinformaticien/data-manager devra identifier, annoter et analyser des variants génétique à partir de données de génotypage et de séquençage (exome et génome complet). Le projet explore l’impact de variants génétiques sur la cognition, le comportement et les traits psychiatriques et neurodéveloppementaux. Il devra également superviser le travail des autres bioinformaticiens du laboratoire et de tous les étudiants qui travaillent sur les données disponibles sur les serveurs. Il sera responsable de l’organisation des données, de l'optimisation des protocoles d’analyse et des pipelines développés au laboratoire en collaboration avec les autres membres de l’équipe.

Des responsabilités supplémentaires consistent en la gestion des actifs informationnels (applications web et serveurs) de l'équipe, la rédaction de documentation, l'assurance-qualité et l'écriture des tests automatisés, et la maintenance du code. Une volonté de travailler en étroite collaboration avec les membres de l’équipe ainsi qu’avec nos collaborateurs est indispensable. Le candidat doit apprendre rapidement et volontairement, avoir un excellent sens de l'organisation, être capable de travailler de manière indépendante et de communiquer de façon efficace oralement et par écrit. Le candidat sera responsable de :

• Identification, annotation, analyse de variants génomiques structurels. Les data à analyser comprennent des données de génotypage sur 800000 individus et des données de séquençage (exome et génome complet) sur environ 150 000 individus;
• Supervision d’étudiants travaillant sur les données générées (accès, partage et respect des bonnes procédures);
• Gestion et coordination du travail en bio-informatique du laboratoire;
• Développement et rédaction des procédures de traitement des données dans le laboratoire;
• Organisation et hiérarchisation des données sur les serveurs (Compute Canada);
• Documentation et communication sur le processus d’analyse, résultats, outils et techniques utilisés;
• Interaction avec les membres du laboratoire afin d’élaborer des stratégies d’analyses.
  
  

Exigences et aptitudes

• Niveau d’études : PhD en bioinformatique, en génomique ou en informatique avec de solides connaissances en génétique;
• Bonne connaissance des langages de Scripting (Python, PHP, Bash) ou de programmation (Java, C++, MATLAB);
• Connaissance avec le système d'exploitation Linux;
• Une certaine expérience avec les bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL, ElasticSearch).
• Connaissance des méthodes statistiques de base et du langage R;
• Expérience en programmation dans le domaine de la bio-informatique;
• Maîtrise du français et de l’anglais, parlé et écrit;
• Capacité de travailler en groupe sur plusieurs projets;
• Bonne compétence en « Data management »;
• Expérience en gestion de projets et de personnel;
• Expérience de travail sur les clusters de calculs.
  
  

Conditions d’emploi

• Syndicat des employés du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine (SECR)
• Échelle salariale: Niveau 4 - entre 32.11 $ et 47.70 $ /heure (selon l’expérience de travail)
• Chercheur responsable: Dr Sébastien Jacquemont
• Poste : Régulier à temps complet (35 heures par semaine)
• Date prévue d’entrée en fonction : Immédiate
• Autre : Le candidat sera également appelé à se déplacer, en fonction des besoins au Centre d’Innovation de GQ/McGill.
  
  

Nous tenons à préciser que les candidats étrangers devront avoir un permis de travail valide pour le CHU Sainte-Justine. Tout permis de travail ayant la condition suivante ne sera pas éligible : « Pas autorisé à exercer un emploi relié aux soins des enfants, à l'enseignement au primaire ou au secondaire, au domaine de la santé ».

Fin de l'affichage : 5 décembre 2024

Autres avantages 4. Des services sur place pour vous simplifier la vie:

• Une conciliation travail et vie personnelle :
• Plan de vacances avantageux
• 20 jours de vacances par année, 25 jours de vacances dès la fin de la période de probation
• 13 jours fériés
• 9,6 jours de maladie par année
• Congé de maternité, de paternité et d’adoption
• Des avantages collectifs concurrentiels :
• Régime de retraite à prestations déterminées (RREGOP)
• Assurances collectives pour vous et votre famille
• Programme d’aide aux employés et à leur famille
• Des établissements facilement accessibles
• Station de métro Université-de-Montréal, lignes d’autobus et grands axes routiers à proximité
• Abri à vélos sécurisé et stations BIXI à proximité
• Située dans le quartier Côte-des-Neiges
• Centre de la petite enfance Sainte-Justine
• Nettoyeur et service de couture
• Activités sportives
• Service alimentaire qui encourage l’agriculture biologique et locale
• Livraison de paniers de légumes biologiques
  
  

Remarques

Le genre masculin est utilisé sans discrimination et dans le seul but d’alléger le texte. Le CHU Sainte-Justine souscrit au principe d'accès à l'égalité en emploi et invite les femmes, les membres des minorités visibles et des minorités ethniques, les personnes handicapées et les Autochtones à poser leur candidature. Nous vous serions gré de nous faire part de tout handicap qui nécessiterait un aménagement technique et physique adapté à votre situation lors du processus de sélection. Soyez assuré que nous traiterons cette information avec confidentialité.